Was für Städte die Stadtmauer bedeutete, waren für Dörfer Kirchenburgen, bzw. befestigte Friedhöfe: Zufluchtstätte in Zeiten der Bedrohung. Die Befestigung von Kirchhöfen setzte herrschaftlichen Konsens voraus. Mit der Befestigung von Kirchen einschließlich der Friedhöfe begannen die Bewohner vieler Dörfer in Franken im späten Mittelalter, als die Macht des Kaisertums niederlag und die Fürsten mit rücksichtsloser Gewalt nach Vergrößerung ihres Herrschaftsgebietes strebten. Das Land des Gegners wurde verwüstet, vor allem wurde Getreide und Vieh geraubt. Wahrscheinlich entstand die Burgbernheimer Kirchenburg unter markgräflicher Herrschaft Mitte des 15. Jhs. (Markgrafenkriege!).
Laut Burgbernheimer Chronik von Superintendent Markus Friedrich Schmidt (1744/50) (und allen darauf aufbauenden Chroniken einschließlich Malern) hatte sie ursprünglich umlaufende doppelte Mauern und vier Ecktürme, von denen heute nur noch der Nordostturm, der "Seilersturm" steht. Der Wallgraben am Berghang auf der Südseite wurde erst 1962 eingeebnet. Vom Südostturm zeugt untenstehendes Bild. Archivalisch belegt ist der Zwinger, d.h. ein Freiraum zwischen zwei Mauern, der zu Beginn des 17. Jh. zur Friedhofserweiterung benutzt wurde.
Ob es tatsächlich vier Ecktürme gab, ist zu bezweifeln. Als der Chronist Schmidt 1744 nach Burgbernheim kam, fand er nur den heute noch erhaltenen Nordost-Turm vor. Von der Zeichnung seines Amtsvorgängers (s. Bild unten) kannte er den kurz vorher abgebrochenen Südostturm. Symmetriegründe mögen ihn zu der Annahme von vormals vier Ecktürmen veranlasst haben. Die Zuverlässigkeit der Schmidtschen Chronik hat bereits Oberlehrer Hupfer im Heimatbuch (1931) infrage gestellt.
Stilisiert auf einer alten Landkarte die Kirchenburg mit 2 Ecktürmen, noch
ohne Torturm. Oben am Berg die St. Gangolfskapelle
Die Lage der Kirchenburg am Ostabhang des Kapellenberges auf dem Katasterplan von 1828. Zu erkennen ist der Nordostturm und der Standort des vormaligen Südostturms. Der gut erkennbare Wallgraben gibt keine Hinweise auf weitere Türme auf der Westseite
Schlussstein am Torbogen des Torturms:Glaubhaft überliefert ist die zeitweise gleichzeitige Existenz einer inneren und einer äußeren Mauer, vermutlich jedoch nur auf der Ostseite. Wahrscheinlich handelt es sich wie bei der inneren Mauer um Reste der im Jahr 1000 erwähnten Burg, des castellum Berenheim, von dem es anderweitig keinerlei Spuren gibt. Der Raum zwischen beiden Mauern hieß der Zwinger, der 1618 für die Erweiterung des Friedhofs genutzt wurde (s. unten, archivalische Quellen).
Superintendent M. F. Schmidt schreibt in seiner Chronik an anderer Stelle lediglich von dem hinteren bzw. dem oberen Turm, der die Funktion eines Wachtturmes hatte und frühzeitig baufällig wurde. Die Aufgabe des baufälligen hinteren Turms als Wachtturm übernahm der 1545 gebaute Torturm. Auf M.F. Schmidt geht das Bergschloss auf dem Schlossberg zurück.
In Schnizzers Chronik der Stadt Neustadt a.d. Aisch (1708) heißt es in der Abhandlung über Burgbernheim, dass vor der Errichtung der Kirche hier die Burg gestanden habe, wovon im hinteren Teil noch deutliche Spuren vorhanden seien. Ähnlich zitiert M. F. Schmidt in seiner Chronik (1744/50) seinen Amtsvorgänger Pfarrer Grüner, dieser habe berichtet, dass an der Stelle der Johanneskirche früher ein Schlösslein gestanden habe.
1618 beschließt der Burgbernheimer Rat, für die Erweiterung
des Friedhofs den Zwinger zu nutzen [Gerichtsbuch B4]
1670 erhält der Maurer 12 Gulden für Arbeiten an der
eingegangenen äußeren Kirchmauer [R39]
1679 fallen 281 Gulden Reparaturkosten an für die innere
Kirchenmauer [R43]
1690 fiel ein Stück der Kirchhofmauer ein [Chronik Schmidt,
1744/50]
1711 ist die innere Kirchhofmauer gegen die Caplaney eingestürzt,
auch der Thurm (Torturm) beschädigt, wieder erbaut durch Zimmermeister
Neumeister
[Chronik M.F. Schmidt 1744/50] Siehe Jahr 1723.
Quellen: Stadtarchiv Burgbernheim, Bürgermeisterrechnungen [R39-111]